Sebbene sia controversa l'epoca della sua costruzione, molti studiosi la fanno risalire al secondo sec. d. C., in concomitanza con la sistemazione dell'antica via Clodia lungo la quale era ubicata.

Le Mura di Santo Stefano costituiscono il tipico esempio di villa rustica di epoca romana, alla quale non mancano splendide rifiniture marmoree né la funzionalità necessaria per una residenza di campagna.

Nelle immediate vicinanze, infatti, erano situati depositi per prodotti agricoli ed una cisterna per l'acqua.

L'edificio, articolato su tre piani, ognuno dei quali presentava delle finestre ad arco, raggiungeva l'altezza di circa 18 metri e doveva far parte di un complesso molto più vasto. In epoca medievale, la villa venne trasformata in una Chiesa dedicata al culto di Santo Stefano.

La chiesa fu costruita nel periodo in cui i resti della villa romana furono rimaneggiati e adibiti ad edificio conventuale (IX sec.).

Da ciò deriva la sua attuale denominazione.

I resti della struttura sacra sono importanti perché atipici per un alzata del IX secolo d. C.: solitamente la muratura era alquanto irregolare, mentre l'opus listatum (laterizi e tufelli) di S. Stefano è abbastanza regolare.

Pertanto l'abside è accostabile solo alle strutture della chiesa di S. Pietro ad Albano e di S. Passera nel suburbio di romano.

L'alto valore architettonico delle rovine è provato dal fatto che, già dal XVI sec., esse furono oggetto di studio da parte di eminenti architetti come Andrea Palladio, ideatore delle magnifiche ville venete tra le quali "La Rotonda" e Pirro Ligorio, architetto che successe a Michelangelo nella direzione dei lavori di costruzione della Basilica di San Pietro.